Yayasan Bina Insan Kamil bermula dari gerakan kaum muda Islam membela muslimah berjilbab yang dianiaya di sekolah/kampusnya di awal tahun 80-an saat fenomena jilbab mencuat di sekolah-sekolah dan kampus-kampus negeri. Saat itulah sejumlah aktivis muda Islam di Jakarta membentuk Komite Solidaritas Umat Islam (KSUI) yang salah satu aktivitas utamanya adalah advokasi terhadap muslimah berjilbab. Sebagai koordinator ditunjuk M. Zainal Muttaqin yang ketika itu menjabat sebagai Sekretaris Pengurus Wilayah Pelajar Islam Indonesia (PII) DKI Jakarta. Adapun anggota lain ada Refrizal Basyir (kini anggota DPR RI dari PKS), Muchtar Beni Biki (adik kandung tokoh tragedi Tanjung Priok Amir Biki), dan sejumlah nama lain. KSUI ini kemudian bertransformasi menjadi Lembaga Bina Insan Kamil dengan misi mencetak generasi masa depan yang lebih baik. Aktivitasnya meliputi pengajian, dakwah dan penerbitan LD HANIF, buletin dakwah Jum’atan pada tahun 1988.
Sejak awal 1992, yayasan LBIK yang berkantor di Jl. Pramuka Sari II Rawasari menggagas berbagai aktivitas pendidikan, dakwah, sosial dan ekonomi sebagai langkah konkrit mewujudkan visi dan misi di atas. Berbekal infaq dari sejumlah muhsinin, didirikanlah Taman Al Quran Bina Insan Kamil (TQ BIK) yang kemudian berubah jadi TK. Masih di tahun 1992 didirikan Baitul Maal Wattamwil dengan dana awal sebesar 5 juta rupiah yang berasal dari keluarga dan teman-teman yang bersimpati. BMT BIK tercatat sebagai pelopor pertama penggunaan istilah Baitul Maal Wattamwil di Indonesia. Erie Sudewo (Republika) menyebutnya sebagai Baitul Maal Wattamwil pertama di Jakarta. Sepanjang perjalanannya telah lebih dari 1000 usaha kecil dan kaum dhuafa mendapat bantuan modal usaha dari BMT BIK. Sampai saat ini BMT masih tetap berjalan meskipun fungsi dan perannya amat minimal. Pada tahun 1992 juga atas usul dari Sadar Harapan didirikan PGTQ (Pendidikan Guru Taman Al Qur’an) dan kemudian berubah jadi PGTKI (Pendidikan Guru TK Islam). PGTKI BIK ini telah melahirkan banyak lulusan yang kini mengajar di berbagai TK dan TPA.
Dalam perjalanannya meski keseharian yayasan padat dengan kegiatan namun personalianya nyaris tidak fungsional alias banyak yang nonaktif. Setelah bermusyawarah dengan jamaah pengajian dwimingguan di bagian Obsgin RSCM, pada tahun 2002 yayasan LBIK kembali dihidupkan personalianya sekaligus berubah nama menjadi Yayasan Bina Insan Kamil. Sejak saat itu dikembangkan berbagai kegiatan untuk menopang kegiatan yang sudah ada.
Pada tahun 2004 setelah bermusyawarah dalam kegiatan i’tikaf, disepakati pembukaan Pesantren Bina Insan Kamil dengan program utama Pendidikan Kader Dai Mandiri (PKDM). Angkatan pertama dimulai pada tahun 2005.
Melalui akte notaris Ummu Imama, SH pada tanggal 13 Juni 2011 nama yayasan ini disahkan menjadi Yayasan Bina Insan Kamil Pramuka. Pada tahun 2012 Pesantren BIK juga membuka Program Dirasah Islamiyah Dasar dan sejumlah kelas kajian keislaman.